Sebagai sebahagian daripada rantau Minangkabau, sistem kerajaan Kesultanan Siak mengikuti model Kerajaan Pagar Ruyung. Selepas kedudukan Sultan, terdapat "Dewan Menteri" yang sama dengan kedudukan "Basa Ampek Balai" di Pagar Ruyung. Dewan Menteri-menteri ini mempunyai kuasa untuk memilih dan melantik Sultan Siak, sama dengan 'Undang Yang Ampat' di Negeri Sembilan..[39] Dewan Menteri bersama dengan Sultan, menetapkan undang-undang serta peraturan bagi masyarakatnya.[9][40]Dewan menteri ini terdiri daripada:

1. Datuk Tanah Datar
2. Datuk Limapuluh
3. Datuk Pesisir
4. Datuk Kampar

Seiring dengan zaman, Siak Sri Inderapura juga telah mereformasi sistem birokrasi pemerintah. Ini tidak dapat dipisahkan dari pengaruh model birokrasi kerajaan yang berlaku di Eropah dan yang diterapkan ke wilayah kolonial Belanda dan British. Pemodenan sistem pentadbiran Siak dilihat dalam naskah Ingat Jabatan yang diterbitkan pada tahun 1897. Manuskrip ini terdiri dari 33 halaman panjang dan ditulis dalam Abjad Jawi atau tulisan Arab-Melayu. Ingat Jabatan adalah dokumen rasmi Siak Sri Inderapura yang dicetak di Singapura, yang berisi butiran tanggung jawab dari berbagai jawatan dalam pemerintahan mulai dari pejabat istana, wakil diraja di jajahan, pengadilan atau polis. Pada akhir setiap huraian kerja para birokrat, ia ditutup dengan amaran dan perintah untuk tidak mengkhianati sultan dan "nagari".[41]

Perkembangan selanjutnya, Siak Sri Inderapura juga menerbitkan satu buku undang-undang, yang dikenal sebagai Bab al-Qawa'id.[42]Kitab ini dicetak di Siak pada tahun 1901, yang menggariskan undang-undang yang dikenakan ke atas masyarakat Melayu dan masyarakat lain yang terlibat dalam kes-kes dengan masyarakat Melayu. Tetapi ia tidak mengikat orang-orang Melayu yang bekerja dengan Hindia Belanda, di mana jika ada masalah, ia akan diselesaikan secara bilateral antara Sultan Siak dan pemerintah Hindia Belanda.[9]

Dalam pelaksanaan masalah pengadilan umum di Kesultanan Siak diselesaikan melalui Balai Kerapatan Tinggi yang dipimpin oleh Sultan Siak, Dewan Menteri dan dibantu oleh Kadi Siak serta Controleur Siak sebagai anggauta. Seterusnya beberapa nama jabatan lain dalam pemerintahan Siak antara lain Pangiran Wira Negara, Biduanda Pahlawan, Biduanda Perkasa, Opas Polis. Kemudian terdapat juga warga dalam yang bertanggung jawab terhadap harta-harta disebut dengan Kerukuan Setia Raja, serta Bendahari Sriwa Raja yang bertanggung jawab terhadap pusaka kerajaan.[41]

Dalam pentadbiran kerajaannya, Kesultanan Siak membahagikan wilayahnya kepada hulu dan hiliran , masing-masing terdiri daripada beberapa wilayah dalam bentuk distrik[33]yang dipimpin oleh seseorang yang bergelar Datuk atau Tuanku atau Yang Dipertuan dan bertanggungjawab kepada Sultan Siak yang juga bergelar Yang Dipertuan Besar . Pengaruh Islam dan keturunan Arab mewarnai Kesultanan Siak,[43] salah seorang daripada mereka adalah keturunan "Al-Jufri" yang memegang gelaran "Bendahara Patapahan".[44]

Pada kawasan tertentu, dilantik Kepala Suku yang bergelar Penghulu, dibantu oleh Sangko Penghulu, Malim Penghulu serta Lelo Penghulu. Walaupun terdapat juga istilah "Batin", dengan kedudukan yang sama dengan Penghulu, tetapi mempunyai lebih banyak hak atas produk hutan yang tidak dimiliki oleh Penghulu. Batin ini juga dibantu oleh Tongkat, Monti dan Antan-antan. Istilah Orang Kaya juga digunakan untuk kedudukan tertentu dalam Kesultanan Siak, seperti yang digunakan di Kesultanan Johor dan Urang Kayo di Minangkabau terutama di kawasan pesisir.[9][40][45]